普通を指定席化するとかえってサービスが悪化する可能性が高い

普通グリーン車は特急ではない
・数分おきに列車が来る
・途中駅で大量の乗降がある
・短距離利用者と長距離利用者が混在
という、都市近郊輸送で、東京→大船、品川→横浜、上野→大宮、新宿→八王子
など、利用区間は人によって全く異なる。

もし指定席にすると東京→横浜まで予約された席が、横浜以降空いていても大船から乗る人は座れない
自由席なら、途中駅からでもその席をすぐ利用できる。つまるところ座席回転率が非常に高い。
逆に言うと普通グリーンは指定席にすることで空席が増えるということ。