多数の利用者が、列車を自由に選び、途中駅で乗り降りし、予定を変更し、遅延・運休・編成変更にも遭遇する
という普通列車特有の利用実態と、指定席制度が非常に相性が悪い

新幹線や特急のグリーン車が指定席であることと、東海道線はじめ普通列車のグリーン車が自由席であることは、輸送システムそのものが違うんだよ