Windowsとは変なOSでPEを起動するとファイルシステムを認識出来たり、
OS上のコマンドプロンプト上からならばファイルシステムへとアクセス出来たり、
ディスクの管理だけファイルシステムを認識していたりと一貫性がなく、またチェックディスク実行後に破壊されます
いずれも共通するのはエクスプローラー上からではファイルシステム自体がが見えなくなり
フォーマットしますか？と表示されるようになる点です
長年使用しているとこれらを経験しますよ