内部表現がUTF16LEであって、表面上はシステムで設定した文字コードってだけの話だよ
日本語環境だとデフォルトS-JISだったのをWindows10の途中からutf-8にした（ユーザ側で変更は可能）
メモ帳もデフォルトがutf-8になった

クリップボード上のテキストはアプリケーションがクリップボードにデータを預ける
その預けるデータ形式に読み取り側が対応していないと機能しないと言うだけ
シンプルなテキスト形式ならCF_TEXTがANSIでCF_UNICODETEXTがUTF16LEになる
CF_TEXTにしか対応していないか、両方対応しているけどANSI優先させてしまっている場合（ないと思うが）になら環境依存文字が文字化けすることもある