「&&」と「||」使うとこう。※記述量は減るがマイナー。
echo,%~nx1| findstr /ri /c:"co" >nul 2>nul && (
　　cov.exe "%~dpnx1"
) || (
　　echo,%~nx1| findstr /ri /c:"auto" >nul 2>nul && (
　　　　auto.exe "%~dpnx1"
　　) || (
　　　　echo,%~nx1| findstr /ri /c:"rec" >nul 2>nul && (
　　　　　　rec.exe "%~dpnx1"
　　　　)
　　)
)

フラグ使うとこう。
set result=
for %%A in (rec auto co) do (
　　echo,%~nx1| findstr /ri /c:"%%A" >nul 2>nul && set result=%%A
)
if "!result!" == "co" cov.exe "%%~dpnx1"
if "!result!" == "auto" auto.exe "%%~dpnx1"
if "!result!" == "rec" rec.exe "%%~dpnx1"

複数マッチする事がない、または複数マッチして複数実行してよいなら
バッチにディレクトリパス渡してこう。（gotoのループ無し）
for %%A in ("%~1\*co*") do (cov.exe "%%~A")
for %%A in ("%~1\*auto*") do (auto.exe "%%~A")
for %%A in ("%~1\*rec*") do (rec.exe "%%~A")