自然言語なんて数千年単位の歴史的経緯の塊だ。 その文字も。
綺麗に整理しようとしたって元がグダグダなんだからどこかしらでグダグダになる。
そんでそのグダグダをひとつに寄せ集めたのが Unicode なんだぞ。
そりゃグダグダで当たり前だし、そういうもんだと思うしかしょうがないだろ。

そんでもって Unicode がかなり広まったといっても従来の文字コードが消滅したわけでもない。
https://xkcd.com/927/