>>432
例えばC言語でグラフを実装する時も生のポインタのみで実装されることはありません
なぜなら各ノードのメモリを解放するタイミングがわからなくなるためです
そこで主に三つの方法が取られます

一つは各ノード一覧を配列などで持っておくとともに定期的にルートから到達可能か到達フラグを用意します
そしてノード一覧の中で到達フラグが立っていないものをメモリ解放します
この方法の欠点は4つあり
(1) ノード一覧を管理する配列が別途必要となる
(2) 到達フラグが必要となる
(3) 定期的に到達可能かを調べる必要がある
(4) 使われなくなったノードがすぐには解放されない

もう一つの方法は定期的コピー方式です
ルートから到達可能な部分を定期的に別の場所にコピーします
コピーされなかった部分が到達できない使われていない部分なのでまとめて解放となります
この方法の欠点は
(1) この方法も定期的な実行が必要となる
(2) メモリ空間が2倍必要となる
(3) 使われてる全体が定期的にメモリコピーされる負荷
(4) 使われなくなったノードがすぐには解放されない

残りの方法は参照カウンタ方式です
おなじみなので略します

いずれの方法も様々な欠点があります
このグラフのノード解放問題は
ガベージコレクションを必要とするプログラミング言語にそのまま当てはまります
GCの負荷コストを理解していただけましたでしょうか？