入力データは違うけど、Ruby で作ってみた

require 'csv'

tmp_hash = { }
input_ary = CSV.read( "input.csv" ) # 2次元配列

input_ary.each do | row | # 1行ずつ処理する
if tmp_hash.has_key? row[ 0 ] # 既に、その数字が存在すれば
# 文字列が存在しない時だけ、その文字列を追加する
tmp_hash[ row[ 0 ] ][ row[ 1 ] ] = true unless
tmp_hash[ row[ 0 ] ].has_key? row[ 1 ]
else
tmp_hash[ row[ 0 ] ] = { row[ 1 ] => true }
end
end

result_ary = tmp_hash.map do |num, hash|
ary = hash.map { |str, b_true| str }
[ num, *ary ] # 配列展開
end

# p result_ary # 2次元配列
# [["1", "A"], ["2", "B", "C"], ["3", "X"]]

csv_str = result_ary.map( &:to_csv ).join # 2次元配列を、CSV 文字列に変換する
print csv_str

出力
1,A
2,B,C
3,X