呼び出しはcallを語源としているというのが前提としていて、
callの仕組みを抽象化すれば、例えばjavaの言語レベルの話をするさいには、
メソッド呼び出しという言い方は理解できる。

オブジェクト指向のモデルの話をするときには、
callの仕組みとは本質的に違うのだからメソッド呼び出しという言葉は適切ではないのではないか？

ということが言いたかったのです！
呼び出しという言葉が、実装レベルに限らない、抽象度の問題ではないというのは理解していますが、何を語源にするかという前提にたてば、メソッド呼び出しという用語の使い方は言語の仕組みレベルのときにのみ使うべきという主張です。
もちろん、callとは本質的に違うメソッド実行の実現が言語でされている場合には、その言語について話すさいにメソッド呼び出しという言葉は不適切だと思います！