>>406
それは >>408 が指摘する通りオーバーロードになってる。
オーバーロードの解決方法は複雑なんで私もちょっと自信はないんだけど、
オーバーロードの候補の内で実引数の型と完全に同一 (または実引数の型に cv 修飾したもの) のものがあれば、
それの優先度はテンプレート引数のマッチより高いので曖昧さは生じずに解決できるのが正しい。

そんで >>408 がいう

> hogeの<T>を受け取る奴で実体化した後にmyclass受け取る奴が出てくることになる

というのはたぶん関係ないと思う。
Two phase name lookup のルールが適用されるはずだから fuga 内での hoge の呼出しは
その時点では解決を試みられず、 main 内での fuga の呼出しが有った時に
fuga の実体化が起こってそのときに hoge も実体化されるので
宣言の順序にかかわらずどちらの hoge も候補になるはず。

なので include がどうこうというのとは関係なく
file2.hpp のほうの hoge が問題なく呼び出されるべきで、 >>406 に間違いはないと思う。

手元に入れてないから動作確認できないんだけど古い MSVC は Two phase lookup の実装が
おかしかったとか聞くからそのへんで何か問題が起こってるんじゃないか？
GCC や Clang だとかなり古いバージョンでも特に問題なくコンパイルできてる。