PHPでの参照渡しの「ノリ」が分からないのだが、どの辺が相場なのだ？
なお、 https://tanakahisateru.hatenablog.jp/entry/2013/12/12/012728 は読んだ。これはいい記事だ。
そしてとりあえずコーディングルールを探してみたが、無い。
PSR/WordPress/Zend/Cakeのはさらっと見たが、文法だけで、動作については記述がないようだ。
だから、動作周りも含めての推奨コーディングルールがあればそれを教えてくれると助かる。



DBから読み出してフォーマットしてjsonで出力する場合、一番単純には、

$resultArr = fetch_from_DB();
format_for_API($resultArr); // 参照渡しで自己書き換え
echo json_encode($resultArr);

function &format_for_API(&$arr){
// ここで何かフォーマット
return $arr; // 直上のコードでは必要ないが、直積み（以下）用にreturnしている。
}

となる。ただしこのコードは以下の様な直積み

echo json_encode(format_for_API(fetch_from_DB()));

だと、

Notice: Only variables should be passed by reference

が出る。（ただし動く)