include/requireは関数じゃないので返り値としてソースを受け取れないから
そのinclude/requireしたファイル内で追記してどうこうってのは無理
file_get_contentsみたいの使ってメモリにロードすれば可能
そこでロードしたソースをいじればいい
PHP標準のDOMパーサーは非常に使いづらいので正規表現がお手軽
細かい関数の使い方は調べてもらうにして

#tmpl.inc
<div>1行目</div>
<div>2行目</div>
<div>3行目</div>

#a.php
<?php
$src = file_get_contents('tmpl.inc');
〜

a.phpでどうしてもinclude/requireしたものをとっておきたいならラップして
#a.php
<?php
require 'tmpl.inc';

#b.php
<?php
$src = file_get_contents('a.php');
〜