どこまでの子プロセスとか残る可能性がとか条件が全然わからんが、シェルスクリプトを2重実行しないようにだけなら、その冒頭で、
[ -f /var/run/hogehogeshellscript.pid ] && kill -0 $(cat /var/run/hogehogeshellscript.pid) && exit 0
printf "%d" $$ > /var/run/hogehogeshellscript.pid
後始末で
rm -f /var/run/hogehogeshellscript.pid
が常套手段だな、俺は。「事前にpkillで実行されているシェルおよびコマンドを無条件にkillしてる」なんて、バグって残る場合しか考えられない(そんな動いているの殺していいの？？)