簡易的なデバッグするときに前者は
command1 \
　| command2 \
#　| command3 \
#　| command4
などとするのに対して 後者は
command1 |
command2 |
# command3 |
# command4
のように行頭に#をいれるだけではSyntax errorになるから前者の方がデバッグなど編集に有用とも言える

個人的には大差ないと思う