MSのXMLライブラリは触った事がないので役に立つかは分からんが....。
公式ドキュメントに出力形式を指定するオプションが明記されていないのなら、
>>465の手書きするという提案に賛成する。
というか、メソッドをフックするとかオーバーライトするような仕掛けは、
そのMSライブラリには用意されていないのかねえ？

自分の場合は、Rubyの標準XMLライブラリ(REXML)の出力形式に
不満があったのと、そのライブラリのAPI仕様の汚さにうんざりしていたので、
XMLライブラリを(手書きで)自作した。入力(パーズ)だけは標準ライブラリにまかせ、
あとは自作ライブラリで加工＆出力するという形。

他のアプローチとしては、XSLTの採用も検討すべきかと。インデント加工を含め、
後々になってXML出力をカスタマイズしたいという要望はたびたび起こるもの。
だから、その加工処理をプログラムのロジックとして埋め込むのではなく、
XSLTプロセッサに変換(Transform)をまかせるという考え方。
MSもXSLTライブラリは提供しているのではないかと思う。