お前が妙な引用してるからどこかの糞ブログかと思ったら、よくまとまってるいい記事じゃん。

.NET 1.0は1.1に置き換えられており、既にサポート期間切れ。
.NET 1.1も今となっては完全に過去の物。一般には既に2.0への移行が完了していて、新規案件で使われる事は無い。（.NET 2.0でも動作するが、一部において後方互換がない変更がある）
↓現役　↑退役
.NET 2.0は最も高い普及率を誇る。VS2008,2010でもマルチターゲット機能により開発可能。
.NET 3.0/3.5で追加された様々な機能が"必要なら使う"。使わなかったら、それは2.0だ。
↓次世代
.NET 4.0では2.0とそれに積み重なっていた3.0,3.5が一つに統合され、より分かりやすくなる。当然、後方互換がある。

Visual Studio？特別な理由がないなら最新使っとけ。