共通仕様としてアイテム所持の仕様が5以降に統一されてるから4以前は原作とは別物になっている
エフェクトやSEを使い回してるせいで一部作品では原作とは別物になっている
ATBの仕様も変わってるから4以降の戦闘最初の行動順が違う
たんしゅくコマンド削除
EDが長くなったせいでBGMが切り替わる

1はエーテルとエリクサーが追加されてそもそものバランスが変わってる
2は後列に物理攻撃が届くようになった
3はピクリマを含めて移植ごとにバランスが全然違うから割愛
4は取得経験値とLvアップに必要な経験値が違うからバランスが違う、あと開発室閉鎖
5は状態異常付与系の魔法剣がミス時にも発動する
6はラストバトルのBGMがぶつ切りになった

全部挙げるとキリがないから一部だけどこれだけでも原作再現って観点から見ると致命的だと思う
8割再現できてれば上々って評価軸ならこれでもいいんだろうけど