そこの注意書きは「交通機関又は有料道路を利用している人に支給する通勤手当」ってなっている
この「交通機関」って部分に鉄道が含まれるか？って話です。

もしOKだったら通勤費の制限の緩い会社を探して新幹線通勤したら？ってなる