大和路線って、関西本線 (加茂〜JR難波) の 2701062 ですよね。
「大和路快速がおかしくなる」とは、下り4335Kのように、奈良の発時刻と王子以降の発着時刻が
表示され、奈良-王子間に「経由せず」記号が表示されない、と言ったことでしょうか。
(私は関東住みなので、どの列車が「大和路快速」なのかよくわかりません。ごめんなさい。)

もし上記のような話なら、これは原理的に直らないです。Strict Modeでは各列車の詳細ページに
記載されている駅名と時刻を拾い出して、一覧時刻表ページの駅名とのマッチングを見ていき、
最初にマッチした駅に着時刻と発時刻を放り込みます。従いまして、マッチしない駅については
空白とせざるを得ません。添付文書に
> ・Strict Mode で読み込む列車詳細ページには、一覧時刻表で「||」（経由
> せず）と表示される駅は登場しません。このため、当該駅の時刻は空欄と
> なります。大阪環状線の今宮駅をバイパスする列車など、ダイヤ線が途切
> れることになりますのでご注意ください。
と書いてあるのもこのためです。その場合、「経由せず」記号はOuDia上で手作業で入れていただく
ほかありません。

別の話だったらごめんなさい。具体的にどの列車がどうなる、と教えていただければありがたいです。