うわー、駅名マッチングで最初に合致したところに時刻を放り込んでるからです。トホホ、、、
特例として福武線で処理する表が複数あってStrict Modeなら、市役所前駅については直前駅を見て
何回目の通過か判断する、みたいなことにして逃げるしかないかなあ。一般化は無理ですねえ。

別件ですが、0.9.4は列車種別「区間急行」を「SL」だと誤判断しています。ごめんなさい。
そのため0.9.4.1を用意してあったんですが、本件を含む、途中駅に同一駅が2回出てくる場合の扱いについて
もう少し考えてみたいと思います。(山万と大江戸線はStrict Modeダメにして安易に逃げました。)