>>410
手っ取り早く>>412のサイトを例に解説するが、あなたの言う<!--#geoguide-->の他に、
ジオシティーズのサーバーが自動的にHTMLファイルに追加する記述がある
ファイル末尾の<!-- text below generated by geocities.jp -->というコメント以下がこの部分で、
この部分で絶対リンクで指定されたjsファイルが読み込まれる（>>409の言ってるのはこれのことだと思う）

正確な挙動はわからないけど、想像するに絶対リンクのjsファイルは実際に閲覧される時に自動的に展開されるもので、
サーバー内の生ファイルそのものにはこの記述は追加されないんだと思う
だから閲覧したサイトを収集してるGeoLog Project氏のアーカイブ上ではjsファイルが実行されるけど、
生データそのものを落とした>>410の移転先では実行されないんだと思う