minnano-domain.comのSPFレコードを見ると、
v=spf1 a mx ~all
となっていて、eNomのメールサーバーが登録されていない。したがって
eNomのサーバーから差出人が@minnano-domain.comのメールを送ると、
SPF検証に失敗(SoftFail)する。
一方、value-domain.comのSPFレコードは(ここには引用しないが)
ちゃんとGMO、eNom、KeySystemsが登録されている。

というわけで、WHOIS情報のverification mailが届かないのは、やっぱり
みんなのドメインが悪いと思われる。